Автоматический вывод схемы синтеза органического соединения на основе его структурной формулы

Авторы: Замков Р.В.
Опубликовано в выпуске: #7(12)/2017
DOI: 10.18698/2541-8009-2017-7-120
Раздел: Информатика, вычислительная техника и управление | Рубрика: Системный анализ, управление и обработка информации, статистика
Ключевые слова: планирование синтеза, хемоинформатика, RDKit, Prolog, Open Babel, молекулярный граф, реакционный граф, SMILES, Python
Опубликовано: 28.06.2017

Предложена реализация программного обеспечения для аналитической работы при решении задачи планирования синтеза веществ на основе структурной формулы. Данное программное обеспечение позволяет получить пути синтеза заданного органического соединения на основе небольшой базы знаний. Рассмотрена реализация данного программного обеспечения с помощью двух языков программирования (Prolog и Python). Входными данными является целевая структура вещества, записанная в строчной нотации SMILES. Выходными данными является набор реакций, необходимых для получения заданной структуры. Результатом данной работы является модуль на языке Python, который можно использовать для автоматического вывода путей синтеза органических соединений.

Литература

[1] Putta S., Eksterowicz J., Lemmen C., Stanton R. A novel subshape molecular descriptor. Journal of Chemical Information and Computer Sciences, 2003, vol. 43, no. 5, pp. 1623–1635.

[2] SMILESTM. Simplified molecular input line entry system. URL: http://www.daylight.com/smiles/ (дата обращения 21.12.2016).

[3] SWI-Prolog downloads. URL: http://www.swi-prolog.org/Download.html (дата обращения 12.02.2017).

[4] RDKit. Open-source cheminformatics and machine learning. URL: https://sourceforge.net/projects/rdkit/ (дата обращения 05.02.2017).

[5] Molecular graph. URL: https://goldbook.iupac.org/html/M/MT07069.html (дата обращения 14.03.2017).

[6] API Documentation. URL: http://openbabel.org/api/2.3/index.shtml (дата обращения 21.01.2017).

[7] Open babel: the open source chemistry toolbox. URL: http://openbabel.org/wiki/Main_Page (дата обращения 05.02.2017).

[8] An overview of the RDKit. URL: http://www.rdkit.org/docs/Overview.html#what-is-it (дата обращения 07.08.2016).

[9] Python. URL: http://openbabel.org/docs/current/UseTheLibrary/Python.html (дата обращения 04.02.2017).